jQueryの話をする前に、
Q: jQuery無しにJavaScriptを書いた場合どうなるだろうか？
A: 別に困らない。
と云うことを忘れずにjQueryは、ブラウザに依存しないJavaScriptコードをサポートしている。ではIEのIME制御ができないのかと云うとそうではない。よく使う機能（例えば、タグのIDとNAME属性）なのに、ブラウザの種類によって指定する方法が違ったり、APIの名前が全然違ったり、そもそもタグの名前が違う（レイヤー機能など）を気にしなくても良いような方法論を提供しているのです。だから、jQueryをグローバルスタンダードなAPI（中の実装は各ブラウザで相違がある部分は個別に実装している）として使い、うまくいかない部分はターゲットにしているブラウザ向けにコードを書くのがいいでしょう。
Q: 初期設定をするときに<body onload=”xxxxx()” > と書かずに window.onload = xxxxx（）； でもなく、$(document).ready(function(){・・・・} なぜこうなっているのだろう？
A: Javascriptはheaderタグの中に書くけど、本音はHTMLを全部読み込んだ後に、色々な処理を実行したい。
その矛盾を大雑把に解決しようとするとjQueryに body.onload なり 他のイベントの処理を任せて、全て読み込み完了と判断してもらった方が便利なハズだ。自分でHTMLの最後のタグがDOMで読み取れればOKとしてもいいけど、デザインが変った途端に動かなくなるのは避けたいですよね。
Q: リンクのイベントを止めるのにevent.preventDefault()なんてのがあるんですね。
A: ｅｖｅｎｔはブラウザで提供しているクラスです。
ついでに云えばstopPropagationの方が強力です。